В 9784 году по календарю Содружества, ницшеанцы восстали против Содружества Систем, стремясь освободиться от его власти и установить собственный порядок. Это привело к войне, способной изменить судьбы всего мира. Чтобы не допустить триумфа противника, на перехват их флота был отправлен крейсер «Созвездие Андромеды» под командованием капитана Дилана Ханта.
Однако это самое мощное судно, когда-либо построенное человечеством, оказалось в ловушке ницшеанского флота. Не увидев шансов на спасение, капитан отдал приказ экипажу покинуть корабль. В то время как «Андромеда» и капитан Хант стали пленниками временной аномалии у границ черной дыры в системе Гефеста. Вскоре Содружество Систем потерпело поражение, но Ницшеанская Империя так и не была основана. С этого момента вселенная погрузилась в мрак и хаос, известный как «Долгая Ночь».
Прошло 303 года, прежде чем корабль «Эврика Мару», под управлением Беки Валентайн, сумел освободить некогда могущественное судно Содружества с орбиты черной дыры. Для всех обитателей вселенной эти три века стали длительным испытанием, в то время как для Дилана Ханта прошла лишь доля секунды. Объединившись с командой «Эврики Мару», капитан Хант взял на себя задачу по восстановлению Содружества Систем, осознавая, что этот путь будет долгим и полным трудностей.
